En el área de la salud, los Ministros de América del Sur realizan reuniones desde 2001 con vistas a desarrollar políticas y acciones de cooperación entre los países suramericanos. A finales de 2008, los Presidentes Suramericanos decidieron dar un empujón en la integración y crearon el Consejo de Salud Suramericano de acuerdo con el artículo 3 del Tratado Constitutivo de UNASUR, que garantiza el acceso universal a la seguridad social y a los servicios de salud. El Consejo de Salud es un mecanismo de consulta y consenso, que fortalece América del Sur como un espacio de integración. Está formado por los Ministros de Salud y coordinado por la Presidencia Pro Tempore del bloque. Tiene el apoyo de un Comité Coordinador, que se reúne semestralmente y está formado por un representante de cada país y un representante del Mercosur, ORAS-CONHU, OTCA y la Organización Panamericana de la Salud. Definió los cometidos de la Secretaría Técnica y creó cinco Grupos de Trabajo que son: escudo epidemiológico; desarrollo de los sistemas de salud universales; acceso universal a los medicamentos; promoción de la salud y acción sobre determinantes sociales; y desarrollo y gestión de recursos humanos en salud.

Entre los objetivos específicos del Consejo de Salud está el fortalecimiento de la unidad y la promoción de políticas comunes de salud. Las decisiones se toman por consenso y se trabaja para fortalecer las instituciones y Ministerios de Salud de UNASUR. Está entre sus responsabilidades promover y crear redes de trabajo por áreas temáticas para formular políticas y acciones de seguridad alimentaria y cambio climático. Tiene como prioridad atender la franja de la población excluida y vulnerable a enfermedades contagiosas. El Consejo de Salud debe trabajar para identificar, prevenir y atender a la población suramericana. El 23 de noviembre de 2009, los Ministros de Salud de UNASUR se reunieron en Guayaquil, Ecuador, para debatir una agenda de trabajo. Entre los temas más importantes de la reunión destacaron además de la definición de una estrategia conjunta para enfrentar el dengue en la región, un acuerdo para la utilización de la vacuna contra la gripe A H1N1 y la elaboración de un plan estratégico de lucha contra las enfermedades para el periodo 2010 – 2015. En abril de 2010, el Consejo volvió a reunirse para seguir debatiendo los temas relacionados con el proyecto de estructuración del Instituto Suramericano de Gobierno de Salud, las Becas de UNASUR-Salud, y el apoyo a Haití y a Chile después de los terremotos ocurridos en éstos países.