La UNASUR está formada por un Consejo de Jefes/as de Estado y Gobierno, Consejo de Ministros de Relaciones Exteriores, Consejo de Delegados/as y una Secretaría General. Estos cuatro órganos pueden convocar reuniones ministeriales, sectoriales, y podrán formarse grupos de trabajo permanente o temporal. El Tratado Constitutivo de la Unasur aprobó la conformación del Parlamento Suramericano con sede en Cochabamba, cuyas bases serían materia para un protocolo adicional al Tratado.  Se dejó a cargo de los Parlamentos nacionales, Subregionales y regionales la elaboración de una propuesta para conformar el Parlamento Suramericano.

El órgano máximo de la Unasur es el Consejo de Jefes de Estado, seguido del Consejo de Ministros. En la jerarquía institucional, el Consejo de Delegados es el tercer órgano en importancia, por considerarse que en esta fase inicial del proceso de integración es necesario la participación de todos los Estados miembros y el contacto directo con los presidentes. Los Delegados de Unasur son elegidos por cada país y se reúne cada dos meses para debatir los temas de la integración y dar mayor dinamismo al proceso. Está en contacto directo con los Grupos de Trabajo e Instituciones. El cuarto órgano es la Secretaría de la Unasur, responsable de coordinar la agenda y administrar el proceso. El Tratado Constitutivo admite la creación de nuevas instituciones para fortalecer la integración, que en un principio había sido negado en la Declaración de Cuzco.

Las normativas serán adoptadas por consenso. De esa forma, los Estados están seguros que será tomado en cuenta a la hora de decidir, ya que, ninguna decisión puede ser tomada en contra de uno de ellos. Cabe destacar que, cada país podrá optar por implementar una decisión parcialmente. En el caso de que una propuesta no sea objeto de consenso, la propuesta solamente puede volver a presentarse seis meses después de su debate. Es la garantía que tienen todos los Estados Suramericanos de incidir en el proceso de integración.

El Consejo de Jefes/as de Estado y Gobierno es el responsable de establecer los lineamientos políticos, planes de acción, programas y proyectos del proceso de integración suramericana y decidir las prioridades para su implementación; convocar Reuniones Ministeriales Sectoriales y crear Consejos de nivel Ministerial; decidir sobre las propuestas presentadas por el Consejo de Ministras y Ministros de Relaciones Exteriores; adoptar los lineamientos políticos para las relaciones con terceros. Las reuniones de los Presidentes tendrán periodicidad anual, como ya venían siendo realizadas en el contexto de la Comunidad Suramericana. El Tratado prevé la realización de Cumbres Extraordinarias, que podrán ser convocadas por la Presidencia Pro Tempore a través de la petición de uno de los estados miembros.

La UNASUR cuenta con una Presidencia Pro Tempore rotativa y con periodicidad anual. Las responsabilidades de la Presidencia Pro Tempore es preparar, convocar y presidir las reuniones de los órganos de Unasur; presentar para su consideración el Programa anual de actividades de Unasur, con fechas, sedes y agenda de las reuniones de sus órganos en coordinación con la Secretaría General; representar a Unasur en eventos internacionales, y asumir compromisos y firmar Declaraciones con terceros, previo consentimiento de los órganos correspondientes .

El Consejo de Ministros/as de Relaciones Exteriores debe reunirse cada semestre, pudiendo convocar la Presidencia Pro Tempore a reuniones extraordinarias a petición de la mitad de los Estados Miembros. Tiene entre sus atribuciones coordinar posiciones en temas centrales de la integración suramericana; desarrollar y promover el diálogo político y la concertación sobre temas de interés regional e internacional; proponer proyectos de Decisiones y preparar las reuniones del Consejo de Jefes/as de Estado; realizar el seguimiento y evaluación del proceso de integración en su conjunto; aprobar el Programa anual de actividades y el presupuesto anual de funcionamiento de Unasur; aprobar el financiamiento de las iniciativas comunes; implementar los lineamientos políticos en las relaciones con terceros; aprobar resoluciones y reglamentos de carácter institucional; crear Grupos de Trabajo en el marco de las prioridades fijadas por el Consejo de Jefes de Estado. Este organismo sigue las pautas trazadas por la Comunidad Suramericana asumiendo más responsabilidad referente al presupuesto de la UNASUR.

El Consejo de Delegados/as debe estar formado por un representante de cada estado miembro y se reúne cada dos meses, en el país que ejerce la Presidencia Pro Tempore u otro acordado. Entre sus responsabilidades está:  implementar mediante la adopción de las disposiciones pertinentes, las decisiones del Consejo de Jefes/as de Estado, y las resoluciones del Consejo de Ministros/as de Relaciones Exteriores, con el apoyo de la Presidencia Pro Tempore y la Secretaría General. Preparar las reuniones del Consejo de Ministros y elaborar proyectos de decisiones, resoluciones y reglamentos para su  consideración;  compatibilizar y coordinar las iniciativas de Unasur con otros procesos de integración regional y subregional vigentes, con la finalidad de promover la complementariedad de esfuerzos; conformar, coordinar y dar seguimiento a los Grupos de Trabajo; dar seguimiento al diálogo político y a la concertación sobre temas de interés regional e internacional; promover los espacios de diálogo que favorezcan la participación ciudadana en el proceso de integración suramericana; proponer al Consejo de Ministros/as de Relaciones Exteriores el proyecto de presupuesto ordinario anual de funcionamiento para su consideración y aprobación.

Los Grupos de trabajo se forman según el dialogo y cooperación entre ámbitos específicos como Integración Financiera, Infraestructura, Energía, Políticas Sociales, Educación, y Mecanismos de solución de controversias en materia de inversiones. Estos grupos están formado por representantes de cada país y debe estar en constante contacto con las instituciones como la CAN, el Mercosur, ALADI, entre otras. Para los grupos de trabajo, las decisiones se aprueban teniendo en cuenta el voto de la mitad de los estados miembros más uno. Las propuestas de adopción de políticas se presentarán al Consejo de Delegados, que una vez aprobadas serán remetidas al Consejo de Ministros y seguidamente al Consejo de Presidentes. Si se aprueba una propuesta, tres o más estados miembros podrán iniciar su desarrollo. Es posible que algún país de la UNASUR no quiera aplicar por completo una norma aprobada, estando en su derecho, sea por el tiempo que decida. Es un proceso de integración abierto a nuevas posibilidades de integración, y el debate sobre distintos temas refuerza el proceso y su consolidación.

El cuarto órgano de la Unasur es la Secretaría General, con sede en Quito y que está presidida por un Secretario General, que ejerce su representación legal. El Secretario es designado por los Presidentes suramericanos por un período de dos años, pudiendo ser renovado por una sola vez. Además, la nacionalidad del Secretario General sucesor no puede ser la misma del saliente. Entre las atribuciones de la Secretaría General de la UNASUR está: apoyar al Consejo de Jefes/as de Estado, al Consejo de Ministros/as de Relaciones Exteriores, al Consejo de Delegados/as y a la Presidencia Pro Tempore, en el cumplimiento de sus funciones. La Secretaría General puede proponer iniciativas y efectuar el seguimiento a las directrices de los órganos de Unasur; participar con derecho a voz y ejercer la función de secretaría en las reuniones; preparar la Memoria Anual y los informes respectivos; servir como depositaria de los Acuerdos, disponer su publicación correspondiente; preparar el proyecto de presupuesto anual y adoptar las medidas necesarias para su buena gestión y ejecución. La Secretaría General no tiene funciones políticas, sino técnicas, con acciones limitadas al entorno suramericano.